嘉靖在位的45年间他竟然有20多年不上朝理事,由严嵩主持朝政。自己则深居皇宫专心于成仙修道。严嵩擅权达17年之久。严嵩立朋党,除异己,造成兵备废弛,财政拮据。倭寇扰掠东南沿海,蒙古鞑靼贵族大举入掠京畿,农民起义频繁,搅的明朝的北边几乎没有安宁过。特别是嘉靖二十九年(公元1550年),鞑靼部俺答汗率军长驱直入北京郊区,烧杀抢掠数日,满意而去,吏称“庚戌之乱”。在东南沿海,由于嘉靖帝的昏愦和权臣的误国,使得海防十分空虚,一些重要地段的士兵仅有原额的三分之一,战船十存一、二。致使日本海盗大举进犯。仅嘉靖三十一年(1552年)以后的三四年间,江浙军民被倭寇杀害的就有数十万人。所以,嘉靖在位的四十多年间,是东南沿海倭患最为严重的时期。虽然最后东南沿海的抗倭斗争取得了决定性的胜利,涌现了像戚继光、于大猷等著名抗倭将领,也不能抵消嘉靖的过失。
历代君王中也只有嘉靖帝的北京深宫之内,暴发了“壬寅宫变”。连宫女都不放过这样的昏君。