阿古柏據南疆,於同治六年正式建國,自立為汗。
同治十年,俄乘新疆回亂,中國無力平定之際,出兵強佔軍事要地伊犁。
同治十二年,陝甘回亂平,廷議用兵新疆,直隸總督李鴻章以籌餉困難 ,力主放棄新疆,宗棠力主收復新疆,奏稱:「重新疆,所以保蒙古,保蒙古,所以衛京師。西北臂指相聯,形勢完整,自無隙可乘。若新疆不固,則蒙古不安,非特陝、甘、山西各邊時慮侵軼,防不勝防,即直北關山亦將無晏服之日。」朝廷命宗棠為欽差大臣,督辦新疆軍務。
光緒二年(一八七六)三月,大軍出關西征,五月,劉錦棠克復烏魯木齊,九月,肅清新疆北路。三年三月,劉錦棠南踰天山,與張曜會師西進,克吐魯番、托克遜。
四月,阿古柏自殺,其子伯克胡里即王位,據南八城,英公使威妥瑪代為游說,請立為保護國,宗棠嚴辭駁斥。
九月,劉錦棠克喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什。
十一月,克喀什噶爾,伯克胡里逃入俄境。大軍繼克葉爾羗、英吉沙爾,和闐,新疆全境除伊犁被俄人佔領外,再入中國版圖。
