第六分校属于中央,具体来说直属军委会军训部,军费、教材的补给归军政部,行政系统隶属中央陆军军官学校,政治部的人事系统属军委会政治部。
六分校历任主任分别为(以到职时间为准):
余星槎 中将 1938年3月—1938年底任职
黄维 中将 1939年初—1940年初任职
黄杰 中将 1940年5月—1942年12月任职
甘丽初 中将 1943年6月—1944秋任职
冯璜 中将 1944年10月—1945年11月任职
副主任依次为:王景宋(少将)、周嘉彬(少将,张治中的大女婿)、梁恺、杨彬、谭承慨、陈骏南。